在受到大規(guī)模全球緊急情況的挑戰(zhàn)時，如何科學(xué)有效應(yīng)對是全球面臨的共同現(xiàn)實。新冠肺炎大流行為科學(xué)開啟了巨大的機遇，并讓科學(xué)在這之中充分發(fā)揮了作用。其中，以閃電般的速度開發(fā)疫苗就是核心技術(shù)能力的體現(xiàn)，基因組測序亦然。
1月11日，世界衛(wèi)生組織舉行新冠肺炎例行發(fā)布會，總干事譚德塞表示，病毒傳播得越廣，變異的可能性就會增加。最關(guān)鍵的是，我們可以有效地對病毒進行測序，從而了解病毒是如何變化的以及我們該如何應(yīng)對。雖然診斷工具和疫苗對當前的病毒仍然有效，但未來我們有可能需要進行調(diào)整。
上周，世衛(wèi)組織發(fā)布了一項全面的實施指南和風險監(jiān)測框架，以幫助各國建立具有影響力的基因測序方案。
基因測序利于追蹤病毒和疫情防控
這份針對基因測試實施的指南稱，新冠病毒基因測序可以用于許多不同的領(lǐng)域，包括改進診斷、制定對策和疾病流行病學(xué)調(diào)查。
疫情暴發(fā)早期，新冠病毒基因組序列的共享使分子診斷分析得以迅速發(fā)展，這提高了全球針對疫情的防備能力，并有助于各國制定對策�？焖�、大規(guī)模的病毒基因組測序有助于理解病毒流行的動態(tài)和評估防控措施的有效性。
現(xiàn)在，科學(xué)的發(fā)展已經(jīng)允許我們在病例確診后數(shù)小時或數(shù)天內(nèi)對新冠病毒進行測序。實時基因組測序能夠為公共衛(wèi)生部門對大流行的反應(yīng)提供信息。
越來越多的人認識到病毒基因組測序有助于促進公眾健康。因此，也有更多國家的實驗室在這一領(lǐng)域進行投資。然而，指南表示，基因測序涉及的成本和工作量是巨大的，各國實驗室需要對這項投資的預(yù)期公共衛(wèi)生回報有一個清晰的想法。
指南還警示稱，盡管基因測序有“把關(guān)人”的存在，但重要的是，那些制定目標、進行基因組分析和使用結(jié)果數(shù)據(jù)的人要意識到基因測序受某些力量主導(dǎo)而存在的局限性，以及潛在的偏見來源。
基因測序?qū)嵤┬柚苊芸紤]和詳細規(guī)劃
這份指南對各國如何實施基因測序給出了詳細指導(dǎo)。指南稱，在開始基因測序計劃之前，重要的是要清楚地了解測序的目標、分析戰(zhàn)略和如何利用研究結(jié)果為公共衛(wèi)生反應(yīng)提供信息的計劃。新冠肺炎大流行的每個階段都會提出對公共衛(wèi)生至關(guān)重要的不同挑戰(zhàn)，要想應(yīng)對其中某些挑戰(zhàn)，需要我們采取不同的基因組采樣策略。
關(guān)于實施基因測序的相關(guān)注意事項，指南稱，基因測序目標的決定應(yīng)該在包括所有利益相關(guān)者的高級代表的多學(xué)科框架內(nèi)做出。同時，為確保可持續(xù)的支撐，應(yīng)確定測序所需資金來源，包括專家人員、測序設(shè)備和消耗品的成本，以及處理和存儲數(shù)據(jù)所需的計算架構(gòu)。實驗室也應(yīng)仔細評估是否存在倫理方面的問題。此外，實驗室還應(yīng)對其選定方案中的每一步驟進行生物安全風險評估。
在基因測序的目標方面，實驗室應(yīng)說明有關(guān)用于基因測序和樣本選擇方法的技術(shù)考慮。當前，有幾種設(shè)備可用于新冠病毒基因組測序。由于每次讀取數(shù)據(jù)的準確性、產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量和周轉(zhuǎn)時間的不同，每種設(shè)備在特定情況下或許都有一定的適用性。
為實現(xiàn)基因測序目標，大多數(shù)情況下，病毒序列數(shù)據(jù)和樣本元數(shù)據(jù)都是必需的。獲取此類數(shù)據(jù)并將其轉(zhuǎn)換為正確的分析格式可能需要大量資源，但是也有助于最大限度地發(fā)揮測序的潛在影響。
此外，指南還提到，基因樣本在運輸、存儲、檢測中如何保存完整性、對數(shù)據(jù)結(jié)果如何科學(xué)分析和解釋以避免誤解都是需要考慮的。
指南還表示，無論產(chǎn)生多少新冠病毒基因組序列，只有為隨后產(chǎn)生和傳播有用和及時的結(jié)果制定戰(zhàn)略，它們才會對公共衛(wèi)生產(chǎn)生積極影響。
基因測序網(wǎng)絡(luò)離不開全球共享與互補合作
“如果我們想要更好地為未來的威脅做好準備，就必須將基因組測序加速整合到全球衛(wèi)生界的實踐中。”世衛(wèi)組織傳染病危害管理部門主管西爾維·布萊恩德在這份指南的前言中稱，“我們希望這一指導(dǎo)將有助于為準備工作鋪平道路。”
指南表示，許多分析依賴于將本地獲得的病毒序列與全球病毒基因組多樣性進行比較的能力。因此，適當?shù)毓蚕聿《净蚪M序列是至關(guān)重要的，例如在GISAID和GenBank等資料庫中，全球共享數(shù)據(jù)正在進行時。
指南鼓勵各國加大互補合作，以確保最大限度地發(fā)揮現(xiàn)有能力。例如，一些國家可能需要提高建設(shè)相應(yīng)實驗室的能力，而另一些國家可能決定將實際基因測序工作外包，并將重點放在生物信息學(xué)、數(shù)據(jù)管理和數(shù)據(jù)解釋上。
“建立一個強大和有彈性的全球基因測序網(wǎng)絡(luò)可以最大限度地提高測序?qū)娊】档挠绊懀粌H對新冠病毒，對未來出現(xiàn)的病原體也是如此。”指南中寫道。
在11日的例行發(fā)布會上，譚德塞也表示，世衛(wèi)組織呼吁所有國家增加對新冠病毒的基因測序并在全球范圍內(nèi)共享這些數(shù)據(jù)，以補充正在進行的監(jiān)控、檢查和檢測工作。
病毒無國界，它是我們?nèi)祟惷媾R的共同挑戰(zhàn)。世界各國是命運共同體，無人能置身其外，獨善其身，只有聯(lián)合起來，才能戰(zhàn)勝困難。
◎?qū)嵙曈浾?張佳欣
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